In den folgenden Jahren erlebte Franconia eine ungeahnte Blüte. Die Zahl der Bundesbrüder nahm ständig zu. Der Altherrenverband entschloss sich, ein Verbindungshaus zu erwerben. 1924 konnte Franconia ihr eigenes Haus in der Himmelreichallee 47-49 beziehen. Es wurde als Rohbau erworben und für unsere Bedürfnisse umgestaltet. Es ist seitdem Mittelpunkt unseres Bundeslebens.
Die Burschenschaft Franconia hatte im Geschäftsjahr 1933/34 den Vorsitz der Deutschen Burschenschaft inne. Es gelang uns Franken nicht, die Gleichschaltung und spätere Zwangsauflösung der Korporationsverbände, darunter auch der Deutschen Burschenschaft, zu verhindern. Wegen ihres Individualismus und ihrer demokratischen Ausrichtung wurden die studentischen Korporationsverbände von den Nationalsozialisten abgelehnt und bekämpft. Das Frankenhaus wurde ab dem Wintersemester 1933/34 vom NSdStB als „Kameradschaftsheim" in Besitz genommen und der Aktivenbetrieb konnte dort nur noch eingeschränkt stattfinden.
Die Deutsche Burschenschaft löste sich 1935 unter Zwang auf der Wartburg in Eisenach auf, die Einzelburschenschaften wurden entgegen deren Willen als sogenannte „Kameradschaften" dem NSDStB eingegliedert. Die letzte Mensur der Franconia wurde am 2. 4. 1936 gefochten. Es sollte 16 Jahre dauern, bis im Sommersemester 1952 erstmals nach dem 2. Weltkrieg wieder Mensuren auf Frankenfarben gefochten wurden.
Im Sommersemester 1936 teilte unsere Aktivitas dem Rektor der Universität die Auflösung der Burschenschaft Franconia mit. Es gab keinen Aktivenbetrieb mehr. Der Altherrenverband existierte weiter – aber nur informell. Offiziell gab es die MB!F nicht mehr.
Seit 1937 gab es verschiedene Versuche, heimlich – unter dem Deckmantel verschiedener „Kameradschaften" und im Kontakt mit dem inoffiziellen Altherrenverband – wenigstens einen teilweisen Aktivenbetrieb weiterzuführen. Dies gelang aber nur begrenzt. Aber es gelang, den Kontakt zwischen den Bundesbrüdern und das bundesbrüderliche Netzwerk aufrechtzuerhalten. Aus diesem Netzwerk entwickelte sich dann nach dem Ende 2. Weltkriegs die Keimzelle für die Wiedergründung der Franconia.
Im Herbst 1944 wurde die Universität nach schwerem Bombenschaden nach Bad Salzuflen ausgesiedelt. Auch das – ehemalige – Frankenhaus wurde durch Bombentreffer beschädigt. Es wurde Obdachlosenasyl und 1945 zu einer Kantine des Oberpräsidiums.
Insgesamt 32 Bundesbrüder fielen im 2. Weltkrieg.